สำนักวิชาทันตแพทยศาสตร์ มีพันธกิจ 8 ด้าน ซึ่งสอดคล้องกับพันธกิจของมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้แก่

1. การจัดการเรียนการสอนที่มีคุณภาพ ได้มาตรฐาน
2. สร้างบัณฑิตที่มีคุณธรรมและมีอัตลักษณ์ที่ดี
3. เปิดการศึกษาหลังปริญญาตรี และสร้างงานวิจัย
4. ให้บริการวิชาการและวิชาชีพแก่ประชาชนจัดตั้งศูนย์เชี่ยวชาญเฉพาะด้าน
5. มีความยั่งยืนมั่นคง
6. พัฒนาสู่สากล และได้รับการยอมรับจากนานาชาติ
7. มีธรรมาภิบาลและเป็นองค์กรแห่งความสุข
8. ส่งเสริมศิลปวัฒนธรรมและอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม