สำนักวิชาทันตแพทยศาสตร์ มีพันธกิจ 5 ด้าน ซึ่งสอดคล้องกับพันธกิจของมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้แก่

1. จัดการเรียนการสอนที่มีคุณภาพ มีคุณธรรม และได้มาตรฐานวิชาชีพ
2. ดำเนินการด้านการวิจัยอย่างเป็นระบบ และต่อยอดงานวิจัยสู่สังคม
3. ให้บริการวิชาการและวิชาชีพทางทันตกรรมแก่สังคม
4. ส่งเสริมและสนับสนุนการดำเนินการด้านศิลปวัฒนธรรมและการอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม
5. บริหารจัดการอย่างมีประสิทธิภาพ เพื่อให้สำนักวิชาก้าวหน้าอย่างยั่งยืน